Das Graduiertenkolleg Islamische Theologie findet standortübergreifend an den Universitäten Münster, Erlangen-Nürnberg, Frankfurt, Hamburg, Osnabrück, Paderborn und Tübingen statt. Jede der teilnehmenden Universitäten deckt mindestens einen der wissenschaftlichen Themenschwerpunkte des Studienprogramms ab und ist als gleichberechtigter Partner eingebunden. Die Koordination des Kollegs übernimmt die Universität Münster. Die Stiftung Mercator unterstützt die Einrichtung des Kollegs und seinen Fortbestand bis 2016 mit einer Förderung in Höhe von 3,6 Millionen Euro.